於孤兒院生活的莉可，其願望是成為白笛，前往母親十年前前往的的深淵底層。某天莉可發現一個疑似來自深淵深處的機器人，將他取名為雷古，並發現不知因何原因而沒有記憶。為了收留雷古，莉可與好友替雷古編造孤兒身世，使他加入孤兒院。 不久後，之前下潛的黑笛探窟家哈勃返回，並帶回殲滅卿萊莎的白笛與書信。在書信中莉可看到疑似關於雷古的介紹與一句留言「在奈落之底等待」，同時由於雷古想了解自己的來歷，雷古和莉可在朋友的協助下潛入了深淵。